#新型コロナウィルス (SARS-CoV-2)感染症(COVID-19)についての現時点でのまとめ。 特にデルタ株の特徴について。

AWE:P18800000000000041880000000000003
Posting date2021-08-20 16:05:23
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新型コロナウィルス感染症 (COVID-19)は、昨年(2020年)始めから世界的に拡散し、いまだに収束してはいない。特に、昨年の秋以降、多数の変異株が登場し、それぞれが発生した地域の気候や文化、感染状況などを反映して、それぞれに特徴的な感染力、症状を含む発症パターン、重症化率などを持っている。概略については、以下のWikipediaの以下のページ
ja.wikipedia.org.../%E6%96%B...

現在世界的に拡散しているのは、デルタ株である。
ja.wikipedia.org.../SARS%E3%...

このデルタ株は、スパイクタンパク質で、従来株に対して、D614GおよびT478K、P681R、L452Rのアミノ酸置換がある。

注:変異の読み方について
最初のD,T,P,Lは、従来株でのアミノ酸残基の種類(それぞれ P:アスパラギン酸、T: スレオニン、P: プロリン、L: ロイシン)を表し、また、数字はスパイクタンパク質の中でのその変異した残基の場所(アミノ酸残基配列の位置)、そして、つぎのG,K,R,Rは、変異後のアミノ酸残基の種類(G: グリシン、K: リジン、R: アルギニン)である。
アミノ酸の種類については、以下のページ
ja.wikipedia.org.../%E3%82%A...

この変異から読み取れるのは、D614Gは、親水性残基から構造を柔くするグリシンに変異し、T478Kは、親水性度をアップし正電荷となり、P681Rも、構造が堅い疎水性プロリンから親水性で正電荷のアルギニン、L452Rも強い疎水性のロイシンからアルギニンであるから、スパイクタンパク質が、1)柔軟な構造になったこと、そして、2)親水性になったこと、また、3)全体が正電荷にシフトしたこと、を表す。いずれも、免疫逃避に関わり、ワクチンや従来株感染で造られた免疫抗体が結合しにくいことになる。また、親水性になったことは、ウィルスが乾燥しにくくなったことを意味し、飛沫がエアロゾル化しにくいことを意味する。また、生化学的な研究から、L452Rの変異は新型コロナウィルスが結合する受容体ACE2との結合力を高めているとされる。

以上から、デルタ株は、以下の特徴を持つ。
1)従来株に対する免疫を逃避するのでワクチンの効果が小さい。
2)エアロゾル感染よりは、接触感染になりやすい。
3)細胞感染力が強いので、感染後の増殖が速く、発症が早い。
4)2、3から上気道感染が主で、肺感染は従来株ほど起こらない。
5)ただし、3、4から肺感染に至らなくても、上気道感染だけで中等証にはなる。

感染予防策としては、ワクチン接種は当然として、以下のことが考えられる。
1)飛沫感染を予防するための、マスク着用(布でもウレタンでもよい)。
2)接触感染を予防するための、うがい、手洗い、帰宅後のシャワー。
3)口腔、上気道での免疫力強化のため、冷いものの飲食を避け、熱いもの、辛いものを飲食する。

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